Для студентов Псково-Печерской духовной семинарии разработаны уникальные курсы пастырской направленности: «Пропедевтика пастырского богословия», «Основы христианской семейной жизни», «Основы и особенности семейной жизни священнослужителя», «Пастырская психиатрия», «Практический опыт выдающихся пастырей православной Церкви XIX-XXI вв.», «Информационная деятельность православного прихода». Они позволяют увидеть весь спектр пастырской приходской жизни и служат верным путеводителем по ней.
Особое внимание уделяется изучению пастырского наследия старцев Псково-Печерского монастыря. Курс «Пастырский опыт старцев Псково-Печерского монастыря» раскрывает многогранность и большой духовно-нравственный потенциал опыта насельников обители XX-XXI вв.

К преподаванию в Псково-Печерской духовной семинарии привлечены авторитетные опытные церковные и светские учёные, педагоги вузов Москвы, Санкт-Петербурга и Пскова, а также насельники Псково-Печерской обители.
Тесная связь многовековой духовной традиции с современными научно-методическими достижениями позволяет обучающимся, находясь в надежном русле Священного Писания и Предания, получить целостное понимание православного богословия и церковной практики. А оно, в свою очередь, даст возможность грамотно и ответственно отвечать на актуальные вызовы.